直接问你所在公司的专管员呀！.

总公司和分公司均分别被认定为一般纳税人，正常业务中，可以互开增值税专用发票。也能进项抵扣。

分公司在上海（非独立核算），是否有一般纳税人资格呢？

如果分公司有增值税业务，可以向税务局领购增值税发票。总公司可以向分公司开具增值税发票。


不过注意一点：对企业附设的不在同一县（市、区）国税局管辖范围内不单独核算收入的工厂、车间、仓库等分支机构，相互移送货物不做视同销售处理。.

你开票给总公司应该没有问题，总公司是在北京对吧？
让你总公司的财务去和他们的税务局联络，是否抵扣得由北京的税务局说了算
在具体操作上如你能找到增值税管理条例的具体条文，拿着具体的可以抵扣的出处去向专管员请教能否抵扣是比较明智的选择，毕竟有时候政策是有的，但执行政策的人有可能不是专家，如果你不争取的话，可能减免的税收优惠就享受不到了。这是中国国情。.