我的弟弟是一名刚刚加入出租车行业的驾驶员，合同订立是在2009.06.16，合同期为3年。2009.06.20我向单位以书面的形式提出辞职了。在入行前，单位曾经进行过上岗培训，费用大约是600元，做这项工作之前已经根据单位的要求付了5000元押金和一个月的营运收入5300。现在单位给我的回音是押金不还了，营运收入根据你做几天算几天，押金不还的原因是合同已经签了3年，要付违约金，每一个月是136元，3年共4896元。所以单位提出你现在辞职也只有拿回营运收入剩余的那部分，不知道他们的说法对哇？
那位专业人士给我解答一下，谢谢了.

合同上有这项内容.

合同上写：5000元作为保证金的，如果在合同期内辞职，那么就要扣违约金，也就是上面的数额.

他们的合同是否有问题.