我们也碰到过的。
1、这张发票7月份就不要进账了，发票留下复印件，原件还给对方。申报时也不要把这张发票填在进项税里，这样申报肯定能通过，（因为申报的进项比实际认证的发票少，系统默认你主动放弃这张发票的进项税）
2、8月收到这张发票，正常操作。
3、税务稽查时，专管员会通知你，你要写一份情况说明。包括7月申报表、抵扣清单等资料。因为你7月没有进行抵扣，只要办一下手续就可以了，如果抵扣了，要补交这张发票的税款，且加收滞纳金。（非常郁闷的是，明明是对方公司的错误，却折腾收到发票的人）
希望能够帮助到你。.

看来不同税务所，各自要求不一样。但是有一点是肯定的，在申报的时候（不按）认证通过的份数和金额来申报（一定要少于认证数）。一窗式对比的时候（不会）出错。.

也就是说，附表2，第一行次---本期认证相符申报抵扣的增值税专用发票，可按实际抵扣的进项税额填列。
          附表2，第59行次---本期认证相符的全部防伪税控增值税专用发票，按实际认证全部发票填列.