我觉得：
第1的2个公式都是对的。
第2的流程你的想法是对的，外汇到他们帐上就应该结RMB付到你公司帐上。代理费和海运杂费可以通过退税来扣，你的退税这么高，应该够扣的。
代理费里谈的是垫退税的话，其实你开增票给他们时就可以让他们结清了。.

说实话，代理费是稍高一点的，如果还不包括他们的垫退税业务，就只能说你们当初没谈清楚了。但年初的退税还没下就不正常了，一般是出货后三个月内规定清的，因为出货后一个半月内基本可以拿到退单，然后他们马上可以申请退税，三个月应该够的，除非他们自己单据不清楚或未及时办理或其他原因。
如果谈合作方式最多就是开票即结清，退税与你没关系，但钱总要进他帐上的要核汇，钱在他手上，如不给也没办法；或换合作公司了.

哦，有时退税可能退下来稍慢点或超过三个月（按出货日期算），但也不至于年初的还没下来.

就我所了解的只能回答你第一个问题：
1）3月开增票，要等核单退回才能去核销并申报，所以5月申报是属正常吧
其他问题你都可以问这个外贸公司的。另外有了增票和退回的关单和核单是可以申报退税的，退税办下来的时间也有长短。正常3个月吧。
这个外贸公司是新开的吗？新开的可能有辅导期，辅导期内退税确实很慢的，有时是要半年左右。.

对，正常的5月可以申报了。但总不能排除“种种原因”，这个只有你的外贸公司有解释权了。希望9月份你的第一票可以顺利退下来吧，我想后面出的就不要这么长时间了的。.