“之前他因为和同学有矛盾不肯认错”我估计你儿子不肯认错不知一次两次，所以老师才会这样做。
老师让他独自反省没错，LZ首先做的是应该问清儿子为什么不肯道歉，而且也不该听孩子的一面之词，要教会孩子不能以自己为主，要考虑同学的感受和想法。.

LZ应该去学校和老师好好沟通一下，了解一下儿子在学校的真实情况，再去问问儿子的同班同学，听听孩子们的反映。.

我觉得楼主应该教育自己孩子，让他学会自己面对问题，解决问题。积极改正自身的缺点如小气（男孩子一定要大方，大度），以实际行动来改变老师的看法和同学的友谊，而不能一直抱着老师对我有成见的观点，消极抵抗。
请问LZ，平时儿子回来和你诉说委屈时，你是不是马上觉得老师或别的同学做的不对，而没有通过别的途径了解事实的真相，就如LZ所说的，你儿子爱撒谎，会不会他为了博取你的同情而把不利于他的真相没告诉你呢？
记得我儿子每次回来和我说受到老师批评，受到委屈时，我总是让他自己反省一下老师为什么会批评他不批评别人，就算真的是委屈了，我会告诉他，妈妈知道你受委屈了，但我们要理解老师，老师也会有误会的时候。说不定事后老师也会知道误会你了，你受委屈了，但我们是男子汉，受点小委屈，能忍住，老师会更加喜欢你，欣赏你。
中国有句古话，“小不忍，则乱大谋”如果，LZ的孩子能学会受点小委屈，不事事计较，估计也不会有今天的情况。话虽重点，但句句真心。.

现在小二的男生都有自己的分辨能力了，如果同学们是因为害怕老师，孤立你孩子的，那他们背着这个老师也会和LZ的儿子一起玩的，而且还会为LZ的儿子打抱不平，如果同学们不仅是出于害怕老师，而是确实不喜欢和你儿子玩，那LZ应该先教育自己孩子。.