2002年趙鏞基牧師長子，也是當時《國民日報》負責人趙熙俊（註1），利用關係向汝矣島純福音教會掌理財務的經理提出要求，以相當於市價3倍的價格購入他開設的I-Service公司股票（註2），共25萬股，以助其舒解財務上的困難。經辦長老在審核這項投資案之後，整理成一千多頁的報告，於11月28日上呈趙鏞基牧師，因當時趙是主任牧師，最後由他簽章。趙後來在庭上的說法是，他信任教會經辦的長老和他的兒子，所以並沒有詳讀這份文件就直接簽字。這項錯誤的投資造成教會 157億韓元（約1400萬美元）的損失。以下本文所提及的所有金額數字，都換算成美元，讓讀者更容易理解）。
2011年教會長老有鑒於趙牧師及其家人長期在教會財務上公私不分，在4月時召開了教會代表大會（Council Meeting，根據純福音教會組織章程，為該會最高決策團），大會通過縮限師母金聖惠的權力，只讓她負責韓世大學及海外宣教活動。趙二兒子明杰接替大兒子熙俊，負責的《國民日報》，熙俊則是完全退出《國民日報》，從“以琳福祉城（註3）”社會慈善機構及某海外分會的組織，擇一而棲。
2011年6月，教會長老透過代表大會，做成更進一步的決議，要求金聖惠師母退還教會約相當於900萬美元的資金，師母聲稱這筆錢是計劃用來為趙鏞基牧師蓋紀念館的經費。並且教會要求師母歸還長期免費佔用的教會辦公室。不料，對於這些教會決議，趙牧師及師母拒絕接受。
2011年7月20日，趙牧師及師母，在純福音教會禱告山，舉行亞洲教會領袖特會，當天由師母證道，長老們決定利用這個時機，在會堂外拉布條靜坐抗議：“別把教會當成你家的私產！”“你把屬世的財富看得比天國更重要嗎？”他們的訴求是要師母即刻歸還興建紀念館的經費，那一天共有30位長老參加了這一場抗議活動。但並未獲得牧師及師母任何的回應。
長老們認為他們已經盡力依循教會章程，並透過一切可能的內部管道，來處理這件事，卻仍舊徒勞無功，這使得他們相信唯有訴諸司法一途，才能敲醒他們的牧者及其擁護者，幫助教會處理這個無解的難題。於是，2011年9月，29位長老聯名向韓國中央地方法院告發趙鏞基牧師及其家人，整個事件由此進入司法程序。
這些長老訴諸法律的行動，引發了教會內部嚴重的對立，之前教會裡雖有不少人支持縮限牧師及其家人的權力，但此時眼睜睜地看著長期帶領他們的教會領袖，身陷官司泥沼，說什麼也無法忍受趙牧師列為被告。在教會裡，這些告發牧師的長老被看成是外揚家醜的告密者（whistle blower）。而另有一千多名的長老聯名，向法院擔保牧師的清白。
2012年初，由純福音教會主任牧師李永勳，邀集教牧團成員，組成一個46人的懲誡委員會，對告發趙牧師的長老們，進行調查及懲誡。委員會認定教內的爭端不得在教外解決（根據《哥林多前書》第6章1-8節的教導（註4），要求長老們撤銷告訴，但長老們不願屈從，因此懲誡委員會做成決議（36票贊成，9票反對，2票棄權），停止25 位長老的職權，並開除3位主導訴訟的長老的會籍，將他們逐出教會。
同時，韓國神召會，及韓國基督徒領袖協會，也都發表聲明，任何人只要對趙鏞基牧師提告，都將失去其會員身份。（註：趙鏞基牧師曾長期擔任這兩個組織的主席一職）
2013年11月14日，30位教會長老在於漢城召開記者會，出示一份根據教會內部審計資料的調查報告，揭發更多趙及其家人不當使用教會公款的事件（總額大約5億美元），重點整理如下：
1992至1998年，趙擔任The Church Mission Society主席期間，向教會支取了相當於1億5千2百萬美元的資金，來興建“社區媒體中心大樓CCMM－The Center of Communities and Mass Media”。 這一筆借款，趙只歸還教會6千萬，尚有9千萬未曾歸還。
趙三子 Seung-jae（英譯）所負責的International Club Management Group以原價相當於美金2700萬元買下了CCMM三層辦公室，3年後他再以3480萬轉賣給教會，差價為700萬美元。（這部份有必要了解當時市場行情的波動，才能清楚此交易是否為利益輸送）
長子熙俊盜用《國民日報》相當於美金3200萬元的資金，用來炒股－—這筆錢的來源是《國民日報》5萬名終身會員會費的集資。
金聖惠師母向教會支取了相當於美金980萬元的資金，以支持她在美國興辦的伯賽大基督大學（Bethesda Christian Univ.）。關於這筆錢的流向，目前司法已介入調查。
2008年趙牧師自純福音教會退休，領取了相當於1870萬美元的退職金（severance payment），這一筆錢未經由教會正當程序決議，長老們是事後才獲知，但生米已成熟飯。
2004-2008連續5年，趙每年向教會支取相當於美金1120萬元（5年共5600萬）的“特別宣教費用”，這些經費沒有任何帳目流向資料可查。
趙的幕僚長（Chief of Staff）Lee Won-gun（英譯）說，他們會對長老們的控訴提出說明，但截至目前為止，尚未看到相關的報導。
記者會上最爆炸性的陳述是揭發趙的婚外情，在記者會前，長老Ha Sang-ok就已對外坦承，他曾參與給付約相當於美金140萬元，“回收”一本對趙不利的書《巴黎版蝴蝶夫人》，女主角Jeong（英譯）是一位在法國發展的女高音，她匿名寫出其與趙的婚外戀情。14 年來長老苦勤趙要悔改，卻看著腐敗持續進行，他毫無選擇，只能站出來揭發此一事件。在這次的記者會裡，長老們公開指出趙曾指示願意給付美金140萬元給 Jeong 作為封口費。要求她不可再提其與趙的不倫戀情。教會對此爆料的回應是：他們以個人私事為由，選擇不評論。這個爆炸性的消息來源是：韓國獨立媒體《韓民族日報 The Hankyoreh》，韓國最大的報紙之一，特色是報導中立，不受主流政治思想左右，每日發行量高達28萬1814份，該報有英文版的網頁：http://english.hani.co.kr/arti/english_edition/ 十分盼望趙牧師能針對此一指控，積極澄清，但至今並未找到任何相關報導。
《韓聯社》報導，2014年2月20日，首爾中央地方法院刑事法庭判決，趙鏞基牧師因涉嫌瀆職及貪污而被判處3年有期徒刑，緩期5年執行，罰款50億韓幣。法庭認定其子熙俊為案件主導，卻企圖逃避責任，將個人財產損失轉嫁予教會，又將責任轉嫁他人，因此判有期徒刑3年，當庭羈押。
