十年后(1646),哈佛学院定下“校规”(Rules and Precepts)规定“学生生活和学习的最终目标是认识上帝、认识耶稣基督(这就是永生——约翰福音17:3),并让每一个学生因此把基督作为一切健全的知识和学习的根基。让每一个人因为明了上主是智慧的源头而暗自祈祷以求努力装备自己,寻求来自上帝的智慧”。并且规定,每天必须阅读圣经至少两次,以增进神学与逻辑的能力,并学习实际的与灵性的真理。
1692年,哈佛设定了以“为基督和教会的真理” (Truth for Christ and the Church)作为校训,并写在校徽上。原文是用拉丁文写的“Veritas Christo et Ecclesiae”。“真理”这个字在校徽的正中央,它分布于三本打开的书上,两本书朝上,一本朝下。根据哈佛网站的解释,这代表人的“理性”有限,需要上帝的启示。当时的校长是因克瑞斯·马瑟(Increase Mather,1639-1723)(1685-1701),他是位清教徒神职人员。
对创建哈佛的清教徒来说,把上帝与学术分开是件不可思议的事,他们无法想象哈佛成为一个世俗的单位。哈佛“基督教道德”的教授彼得·葛梅兹(Peter J. Gomez)2006年对《哈佛红潮》校刊的记者说,哈佛最大的改变发生在1869年,新校长查尔斯·艾略特上台。他以唯一神论和爱默生的理念治校。艾略特说:“学术文化最有价值的成果就是一个开放的心灵,训练缜密的思维,传授哲学方法,累积历代的思想,并贯以谦卑的态度。这就是大学在今天服事基督和教会的方式。”
社会学家彼得·伯格(Peter L. Berger)曾经如此描述美国:如果印度是全世界最有宗教心的国家,又如果瑞典是全世界最没有宗教心的国家,那么,美国就等于是印度人受到瑞典人的统治。他的意思是说,美国的底层大众是有宗教信仰的,可是,美国的精英阶层是被无宗教信仰的人所把持。这句话不无几分道理。哈佛这个顶尖学府今天就是培养这批精英的温床之一。