科门尼生在东莫拉维亚（East Moravia,今捷克）。十二岁的时候，父母亡故，他被送到普莱洛府（Prerov）受教育。他爱学习；但那里的教育方法，使他非常难受。幸而校长认识他的天才，鼓励他进入教职事奉。
1614年，在海德堡大学（University of Heidelberg）毕业。二年后，受按立，在滋拉邑（Zeravice）的联合弟兄教会任职。两年后，任福勒耐（Fulnek）的牧师。
罗马帝国皇帝费迪南二世（Ferdinand II），决心要使波希米亚彻底天主教化。改革信仰的领袖们，在战争中失败逃亡。科门尼也不得不隐藏起来。在1620至1627年，那段黑暗的时期，他写了世界迷局和内心乐园（The Labyrinth of the World and the Paradise of the Heart），那是一本像天路历程（The Pilgrim's Progress）的寓言书。书中的基督对寻求知识的“天路客”说：
“学问的最高峰，是在我所有的工作上寻求我，看何等奇妙的我统管你和万有…不过，你寻求一切学问，必须不为讨别人欢喜，而是要更亲近我。”
这表明科门尼的基本信念：科学知识与宗教信仰，不是相反的，而是有其共同目标。在基督里，有内心的自由和平安。
1628年一月，情势的发展，使他决定离开本土；一班同一心志的信徒，随他同行。当他们临近波兰边界的时候，科门尼领大家作祷告：望着这冰封雪掩的大地，他求神保存“隐藏的种子”，将来冬尽春来，还会发芽。
这一小群宗教难民，在波兰的来兹诺（Leszno）定居。
他相信：改革运动终有光复的一天；只是他不知道，那有多么遥远。他拟订计划，预备全民普遍的全时间少年教育，教导他们本国和欧洲的文化。
他以为教育是要及时，愉快，彻底。他的眼界不仅限于宗教知识，而是全面的教育。他的教育大计（The Great Didactic）一书，以为科学知识和宗教知识，都是出于神的启示。他写了幼婴教育（The School of Infancy），要母亲们及早教育孩子。
回想自己在校的痛苦经验，科门尼以为教育方法该是“效法自然”，学习事物，不是死记文法。他写了世界第一本文字并图画的双语教科书Janua Linguarum Reserata，以捷克文与拉丁文并列，两种语文的关系，学生可以看图而知。出版以后，被译成德文，英文，及其它欧洲文字，全欧风行。
科门尼一向着重整全的教育。1641年，在伦敦有一德国商人哈立布（Samuel Hartlib），邀请他去英国设立一所社会改革的学院，推广他全面知识（pansophy）的理想，预备招收各国学生，以教育改进人类社会，促进道德和平。在那期间，他出版了光明之路（Way of Light），哈立布为他制作新衣，如同英国的圣职人员；接待他，同他出入，介绍他认识了不少名人权要，包括弥尔敦（John Milton）。
适英国内战爆发，1642年，科门尼返回来兹诺。法国的枢机主教，首相利其流（Armand-Jean du Plessis Richelieu），权倾一时，邀请科门尼到法国。美洲殖民地新英格兰的总督文慈洛（John Winthrop）正在欧洲寻找哈佛大学（Harvard College）的校长；但科尼流接受瑞典王的邀约，帮助教育改革，为他们撰写一系列的双语教科书。
1648年，科门尼被推为联合弟兄会总监督。
科门尼心系念波希米亚的光复。有一神秘主义者名叫得来必（Nichoas Drabik），常作预言；曾被弟兄会停止服事。他预言天主教势力将被逐出波希米亚，改革者将光复故土。这正迎合流亡国外的难民想望，使他们很得鼓励。科门尼愿意相信，收集了此类预言，成为Lux in Tenebris，在会众中间传阅，但并未出版。可惜，那些吉言并未实现。后来，科门尼逝世后，得来必立即否认那些“预言”，并归顺罗马天主教。不过，虽然见风转舵够快，皇帝利溥（Leopold I）仍然把得来必割掉舌头，然后处死。
在科门尼有生之年，只看见一所综合知识学校的成立。那是在匈牙利。青年的王莱可滋（Zsigmond Rakoczi），有意建立一所那样的学校，邀科门尼前往主持。1650年，到达那里，受到热烈欢迎。模范学校设在撒路八达（Sarospatak），开学的时候，有一百名学生，欢喜看到理想的实现。不过，学生没有准备，仅有读写的程度；教师不能了解教育的计划，也失去兴趣。1652年，莱可滋王逝世，学校中道崩殂。约在同时，波兰的战争爆发。
科门尼回到来兹诺，携带着大批教科书手稿，但缺乏图画的雕刻制版；他送去德国纽伦堡（Nurnberg）印刷完成。那书是看图识字（Orbis Sensualium Pictus），以拉丁文和方言文字并列，在欧洲流行了约两百年。
1656年，来兹诺被占领，许多手稿化为灰烬；科门尼再次逃亡，到荷兰的阿姆斯特丹，那里以容忍和善待难民知名。有一个富有的工业家及尔（Ludovicus de Geer），慷慨以财物支持科门尼，并且介绍他给荷兰和欧洲的著名人物。
1657年，科门尼的教育著作全集（Didatica Opera Omnia）出版，收集他大部分有关教育的作品 。
1660年，科门尼写了信仰手册（Ratio Disciplinae），是拉丁文，叙述弟兄会的历史和信仰基要，是基督徒生活信约。
他最后的作品教学参考，只见到部分出版；临终前，他请求亲近同工把其余部分出版，但他们未能作到，而原稿失落，迟至1935年，才在德国浩邑（Halle）一所孤儿院发现。
1670年，联合弟兄会最后一位总监督，教育家科门尼，在阿姆斯特丹逝世，遗体葬于西边的内顿（Naarden），至今仍有人前往纪念馆参观怀念。
波希米亚弟兄会，后来成为莫拉维亚弟兄会，仍然持守以主为中心的一贯原则：“事奉救主拯救世界”。
这小群的基督徒社团，在1722年到了德国，辛森道夫伯爵（Graf Nikolaus Ludwig von Zinzendorf, 1700-1760）收容他们在他的领地上，名和伦户特（Herrnhut），他们仍然照科门尼的原则集体生活，持守在基督里的爱与合一。并且说：“神带领我们来到这里，祂可能要恢复我们的教会。”
果然如此。
1727年八月十三日，和伦户特的莫拉维亚弟兄会，有了灵性的大复兴，差遣宣教士到各岛各地，也到了美国。
隐藏的种子，终于发芽了，而且长大收成。
基督教教育，是教会将来的希望。.
