在通常的叙事中,北京大学无疑是“五四运动”期间最著名的教育机构。其最初成立于1898年,当时名为京师大学堂,首任校长是美国北方长老会传教士丁韪良(William Alexander Parsons Martin,1827—1916)。<8> 而根据狄考文的记述,京师大学堂最初的西学中国教师大多是登州文会馆的毕业生。<9>
根据出版家汪原放(1897—1980)转述其叔父、陈独秀的朋友汪孟邹(1878—1953)的记载,是上海的基督教青年会(Young Men's Christian Association)致信出版《青年杂志》的群益书社,指出这与青年会的刊物《上海青年》“名字雷同”,建议更名。1916年3月3日,群益书社的陈子寿(生卒年不详)向陈独秀提议,将《青年杂志》改为《新青年》。
齐鲁大学的前身是美国北方长老会与英国浸信会于1902年组建的山东新教大学(Shantung Protestant University),包括:位于潍县的文理学院——广文学堂(Shantung Union College,山东共合学院)、青州的神学院——神道学堂(Theological College)、济南的医学院——医道学堂(Union Medical College,共合医学院)。