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求助工资申报

我公司现有两个公司，同一法人但是属于独立核算的。作为员工在两个公司同时申报工资，不缴纳个人所得税，但是员工实际拿到手的要缴纳个人所得税的，请教高人，这个该怎么正确的申报工资 ？.

员工的社保关系在哪家公司呢？个人认为社保关系在哪家，就哪家公司申报工资并缴税，另一家就不申报。但是要和主管税务专员说明情况。.